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3.5 KiB
Python
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import os
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import csv
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from pymatgen.core import Structure
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from tqdm import tqdm # 引入tqdm来显示进度条，如果未安装请运行 pip install tqdm
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# --- 导入您自定义的分析函数 ---
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# 假设您的函数存放在 'utils/CS_analyse.py' 文件中
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# 并且您已经将它们重命名
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# from calculate_polyhedra_sharing import calculate_polyhedra_sharing as CS_catulate
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# from check_only_corner_sharing import check_only_corner_sharing
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# 注意：根据您的描述，您会将函数放在 utils 文件夹中，因此导入方式如下：
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from utils.CS_analyse import CS_catulate, check_only_corner_sharing
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def process_cif_folder(cif_folder_path: str, output_csv_path: str):
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"""
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遍历指定文件夹中的所有CIF文件，计算其角共享特性，并将结果输出到CSV文件。
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参数:
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cif_folder_path (str): 存放CIF文件的文件夹路径。
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output_csv_path (str): 输出的CSV文件的路径。
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"""
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# 检查输入文件夹是否存在
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if not os.path.isdir(cif_folder_path):
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print(f"错误: 文件夹 '{cif_folder_path}' 不存在。")
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return
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# 准备存储结果的列表
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results = []
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# 获取所有CIF文件的列表
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try:
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cif_files = [f for f in os.listdir(cif_folder_path) if f.endswith('.cif')]
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if not cif_files:
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print(f"警告: 在文件夹 '{cif_folder_path}' 中没有找到任何 .cif 文件。")
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return
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except FileNotFoundError:
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print(f"错误: 无法访问文件夹 '{cif_folder_path}'。")
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return
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print(f"开始处理 {len(cif_files)} 个CIF文件...")
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# 使用tqdm创建进度条，遍历所有CIF文件
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for filename in tqdm(cif_files, desc="Processing CIFs"):
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file_path = os.path.join(cif_folder_path, filename)
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try:
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# 1. 从CIF文件加载结构
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struct = Structure.from_file(file_path)
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# 2. 调用您的 CS_catulate 函数计算详细的共享关系
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# 这里使用默认参数 sp='Li', anion=['O']
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sharing_details = CS_catulate(struct, sp='Li', anion=['O','S','Cl','F','Br'])
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# 3. 调用 check_only_corner_sharing 函数进行最终判断
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is_only_corner = check_only_corner_sharing(sharing_details)
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# 4. 将文件名和结果存入列表
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results.append([filename, is_only_corner])
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except Exception as e:
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# 如果处理某个文件时出错，打印错误信息并继续处理下一个文件
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print(f"\n处理文件 '{filename}' 时发生错误: {e}")
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results.append([filename, 'Error']) # 在CSV中标记错误
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# 5. 将结果写入CSV文件
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try:
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with open(output_csv_path, 'w', newline='', encoding='utf-8') as csvfile:
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writer = csv.writer(csvfile)
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# 写入表头
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writer.writerow(['CIF_File', 'Is_Only_Corner_Sharing'])
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# 写入所有结果
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writer.writerows(results)
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print(f"\n处理完成！结果已保存到 '{output_csv_path}'")
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except IOError as e:
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print(f"\n错误: 无法写入CSV文件 '{output_csv_path}': {e}")
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# --- 主程序入口 ---
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if __name__ == "__main__":
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# ----- 参数配置 -----
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# 请将此路径修改为您存放CIF文件的文件夹的实际路径
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CIF_DIRECTORY = "data/0921"
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# 输出的CSV文件名
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OUTPUT_CSV = "corner_sharing_results.csv"
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# -------------------
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# 调用主函数开始处理
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process_cif_folder(CIF_DIRECTORY, OUTPUT_CSV)
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