import os
import sys
import subprocess
import re
import csv
import argparse
from pathlib import Path

# --- 配置区 ---
# softBV.x 可执行文件的路径，请根据你的实际情况修改
SOFTBV_EXECUTABLE = Path.home() / "tool/softBV-GUI_linux/bin/softBV.x"

# 固定的命令参数
MOBILE_ION = "Li"
ION_VALENCE = "1"

# 输出CSV文件的名称
OUTPUT_CSV_FILE = "conductivity_results.csv"


# --- 配置区结束 ---

def check_executable():
    """检查 softBV.x 文件是否存在且可执行"""
    if not SOFTBV_EXECUTABLE.is_file():
        print(f"错误: 可执行文件未找到: {SOFTBV_EXECUTABLE}")
        print("请检查脚本中的 SOFTBV_EXECUTABLE 路径是否正确。")
        sys.exit(1)
    if not os.access(SOFTBV_EXECUTABLE, os.X_OK):
        print(f"错误: 文件存在但不可执行: {SOFTBV_EXECUTABLE}")
        print("请使用 'chmod +x' 命令赋予其执行权限。")
        sys.exit(1)


def get_formula_from_cif_line2(cif_path):
    """
    通过读取CIF文件的第二行来提取化学式。
    期望的格式是 'data_FORMULA'。
    """
    try:
        with open(cif_path, 'r', encoding='utf-8') as f:
            lines = f.readlines()
            if len(lines) > 1:
                second_line = lines[1].strip()  # .strip() 去除首尾空白和换行符
                if second_line.lower().startswith('data_'):
                    # 提取 'data_' 之后的内容作为化学式
                    return second_line[5:]
                else:
                    print(f"\n警告: 文件 {cif_path.name} 的第二行格式不正确 (不是以'data_'开头)。", file=sys.stderr)
                    return "FormatError"
            else:
                print(f"\n警告: 文件 {cif_path.name} 行数不足2行。", file=sys.stderr)
                return "FileTooShort"
    except Exception as e:
        print(f"\n警告: 读取文件 {cif_path.name} 时发生错误: {e}", file=sys.stderr)
        return "ReadError"


def parse_conductivity(output_text):
    """从 softBV.x 的输出文本中解析并格式化电导率"""
    pattern = re.compile(r"^\s*MD: conductivity\s*=\s*([-\d.eE+]+)", re.MULTILINE)
    match = pattern.search(output_text)

    if match:
        conductivity_str = match.group(1)
        try:
            conductivity_val = float(conductivity_str)
            # 将单位从 S/m 转换为 1e-3 S/m (mS/m), 需要乘以 1000
            conductivity_ms_m = conductivity_val * 1000
            # 格式化为两位小数的字符串
            return f"{conductivity_ms_m:.2f}"
        except ValueError:
            return "ValueError"
    else:
        return None


def main():
    """主函数"""
    parser = argparse.ArgumentParser(
        description="运行 softBV.x 计算电导率并汇总到CSV文件。",
        formatter_class=argparse.RawTextHelpFormatter
    )
    parser.add_argument("folder", type=str, help="包含CIF文件的目标文件夹路径。")
    parser.add_argument(
        "-t", "--temperature",
        type=int,
        default=1000,
        help="模拟温度 (K)，对应 softBV.x 的最后一个参数。\n默认值: 1000"
    )
    args = parser.parse_args()

    target_folder = Path(args.folder)
    temperature = str(args.temperature)

    if not target_folder.is_dir():
        print(f"错误: 文件夹 '{target_folder}' 不存在。")
        sys.exit(1)

    check_executable()

    cif_files = sorted(list(target_folder.glob("*.cif")))

    if not cif_files:
        print(f"警告: 在文件夹 '{target_folder}' 中没有找到任何 .cif 文件。")
        return

    print(f"在 '{target_folder}' 中找到 {len(cif_files)} 个 .cif 文件，开始处理...")
    print(f"模拟温度设置为: {temperature} K")

    results = []

    for cif_file in cif_files:
        print(f"  -> 正在处理: {cif_file} ...", end="", flush=True)

        # 使用新的函数获取化学式
        formula = get_formula_from_cif_line2(cif_file)

        command = [
            str(SOFTBV_EXECUTABLE), "--md", str(cif_file),
            MOBILE_ION, ION_VALENCE, temperature
        ]

        try:
            process_result = subprocess.run(
                command, capture_output=True, text=True, check=True, timeout=300
            )
            conductivity = parse_conductivity(process_result.stdout)

            if conductivity is not None:
                results.append([cif_file.name, formula, conductivity])
                print(f" 成功, Formula: {formula}, Conductivity: {conductivity} (x10^-3 S/m)")
            else:
                print(" 失败 (无法在输出中找到conductivity)")
                results.append([cif_file.name, formula, "NotFound"])

        except subprocess.CalledProcessError as e:
            print(f" 失败 (命令执行错误)")
            print(f"   错误信息: {e.stderr.strip()}", file=sys.stderr)
            results.append([cif_file.name, formula, "ExecError"])
        except subprocess.TimeoutExpired:
            print(f" 失败 (命令执行超时)")
            results.append([cif_file.name, formula, "Timeout"])
        except Exception as e:
            print(f" 失败 (发生未知错误: {e})", file=sys.stderr)
            results.append([cif_file.name, formula, "UnknownError"])

    if not results:
        print("没有成功处理任何文件，不生成CSV。")
        return

    print(f"\n处理完成，正在将 {len(results)} 条结果写入 {OUTPUT_CSV_FILE} ...")

    try:
        with open(OUTPUT_CSV_FILE, 'w', newline='', encoding='utf-8') as csvfile:
            writer = csv.writer(csvfile)
            writer.writerow(['filename', 'formula', 'conductivity(e-3S/m)'])
            writer.writerows(results)
        print("CSV文件已成功生成！")
    except IOError as e:
        print(f"错误: 无法写入CSV文件: {e}")


if __name__ == "__main__":
    main()