softBV-calulate-first

softBV/run_softBV.py

@@ -0,0 +1,158 @@
+import os
+import sys
+import subprocess
+import re
+import csv
+from pathlib import Path
+
+# --- 配置区 ---
+# softBV.x 可执行文件的路径，请根据你的实际情况修改
+# 使用 Path.home() 来自动获取用户家目录，比 '~' 更可靠
+SOFTBV_EXECUTABLE = Path.home() / "tool/softBV-GUI_linux/bin/softBV.x"
+
+# 固定的命令参数
+MOBILE_ION = "Li"
+ION_VALENCE = "1"
+SF_VALUE = "1000"
+
+# 输出CSV文件的名称
+OUTPUT_CSV_FILE = "conductivity_results.csv"
+
+
+# --- 配置区结束 ---
+
+def check_executable():
+    """检查 softBV.x 文件是否存在且可执行"""
+    if not SOFTBV_EXECUTABLE.is_file():
+        print(f"错误: 可执行文件未找到: {SOFTBV_EXECUTABLE}")
+        print("请检查脚本中的 SOFTBV_EXECUTABLE 路径是否正确。")
+        sys.exit(1)
+    if not os.access(SOFTBV_EXECUTABLE, os.X_OK):
+        print(f"错误: 文件存在但不可执行: {SOFTBV_EXECUTABLE}")
+        print("请使用 'chmod +x' 命令赋予其执行权限。")
+        sys.exit(1)
+
+
+def parse_conductivity(output_text):
+    """
+    从 softBV.x 的输出文本中解析电导率(conductivity)。
+    使用正则表达式来匹配 'MD: conductivity = <value>' 格式的行。
+    """
+    # 正则表达式解释:
+    # ^                  - 匹配行首
+    # \s*                - 匹配任意数量的空白字符
+    # MD: conductivity   - 匹配字面字符串
+    # \s*=\s*            - 匹配等号，前后可以有任意空白
+    # ([-\d.eE+]+)       - 捕获组1: 匹配并捕获一个或多个数字、点、'e'/'E'、'+'/'-' (科学计数法)
+    pattern = re.compile(r"^\s*MD: conductivity\s*=\s*([-\d.eE+]+)", re.MULTILINE)
+    match = pattern.search(output_text)
+
+    if match:
+        # 返回捕获到的第一个组 (也就是数值部分)
+        return match.group(1)
+    else:
+        # 如果没有找到匹配的行，返回 None
+        return None
+
+
+def main():
+    """主函数"""
+    # 1. 检查命令行参数
+    if len(sys.argv) != 2:
+        print(f"用法: python {sys.argv[0]} <cif_folder_name>")
+        print(f"例如: python {sys.argv[0]} Br")
+        sys.exit(1)
+
+    target_folder = Path(sys.argv[1])
+
+    # 检查目标文件夹是否存在
+    if not target_folder.is_dir():
+        print(f"错误: 文件夹 '{target_folder}' 不存在。")
+        sys.exit(1)
+
+    # 检查 softBV.x 是否配置正确
+    check_executable()
+
+    # 2. 查找所有 .cif 文件
+    cif_files = sorted(list(target_folder.glob("*.cif")))
+
+    if not cif_files:
+        print(f"警告: 在文件夹 '{target_folder}' 中没有找到任何 .cif 文件。")
+        return
+
+    print(f"在 '{target_folder}' 中找到 {len(cif_files)} 个 .cif 文件，开始处理...")
+
+    results = []  # 用于存储 (文件名, 电导率)
+
+    # 3. 遍历文件，执行命令并提取数据
+    for cif_file in cif_files:
+        print(f"  -> 正在处理: {cif_file} ...", end="", flush=True)
+
+        # 构建命令
+        command = [
+            str(SOFTBV_EXECUTABLE),
+            "--md",
+            str(cif_file),
+            MOBILE_ION,
+            ION_VALENCE,
+            SF_VALUE
+        ]
+
+        try:
+            # 执行命令并捕获输出
+            # capture_output=True 将 stdout 和 stderr 分别捕获
+            # text=True (或 encoding='utf-8') 将输出解码为字符串
+            # check=True 如果命令返回非零退出码 (表示错误)，则会抛出异常
+            process_result = subprocess.run(
+                command,
+                capture_output=True,
+                text=True,
+                check=True,
+                timeout=300  # 设置一个超时时间（例如300秒），防止程序卡死
+            )
+
+            # 从标准输出中解析数据
+            conductivity = parse_conductivity(process_result.stdout)
+
+            if conductivity is not None:
+                results.append((cif_file.name, conductivity))
+                print(f" 成功, conductivity = {conductivity}")
+            else:
+                print(" 失败 (无法在输出中找到conductivity)")
+                # 你也可以选择将错误信息记录下来
+                # results.append((cif_file.name, "Error: Not Found"))
+
+        except subprocess.CalledProcessError as e:
+            # 命令执行失败
+            print(f" 失败 (命令执行错误)")
+            print(f"   错误信息: {e.stderr.strip()}")
+            # results.append((cif_file.name, "Error: Execution Failed"))
+        except subprocess.TimeoutExpired:
+            print(f" 失败 (命令执行超时)")
+            # results.append((cif_file.name, "Error: Timeout"))
+        except Exception as e:
+            # 其他未知错误
+            print(f" 失败 (发生未知错误: {e})")
+            # results.append((cif_file.name, f"Error: {e}"))
+
+    # 4. 将结果写入CSV文件
+    if not results:
+        print("没有成功处理任何文件，不生成CSV。")
+        return
+
+    print(f"\n处理完成，正在将 {len(results)} 条结果写入 {OUTPUT_CSV_FILE} ...")
+
+    try:
+        with open(OUTPUT_CSV_FILE, 'w', newline='', encoding='utf-8') as csvfile:
+            writer = csv.writer(csvfile)
+            # 写入表头
+            writer.writerow(['filename', 'conductivity'])
+            # 写入数据
+            writer.writerows(results)
+        print("CSV文件已成功生成！")
+    except IOError as e:
+        print(f"错误: 无法写入CSV文件: {e}")
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    main()