mcp

mcp/data/id_rsa.txt

@@ -0,0 +1,38 @@
+-----BEGIN OPENSSH PRIVATE KEY-----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+-----END OPENSSH PRIVATE KEY-----

mcp/server.py

@@ -0,0 +1,56 @@
+# server.py
+
+import asyncio
+import asyncssh  # 用于 SSH 连接的库
+from mcp.server.fastmcp import FastMCP, Context
+
+# --- 预设的服务器连接信息 ---
+# 警告：在生产环境中，不要将密钥和密码硬编码在代码里。
+# 最好使用环境变量、配置文件或专门的密钥管理服务。
+REMOTE_HOST = '202.121.182.208'  # 替换为你的服务器地址
+REMOTE_USER = 'koko125'  # 替换为你的用户名
+PRIVATE_KEY_PATH = 'data/id_rsa.txt'  # 替换为你的私钥文件路径
+
+# 创建一个 MCP 服务器实例
+mcp = FastMCP("远程服务器工具")
+
+
+@mcp.tool()
+async def execute_remote_command(command: str, ctx: Context) -> str:
+    """
+    在远程服务器上执行一个shell命令并返回其输出。
+
+    Args:
+        command: 要在远程服务器上执行的命令字符串。
+    """
+    await ctx.info(f"准备在 {REMOTE_HOST} 上执行命令: '{command}'")
+
+    try:
+        # 建立 SSH 连接
+        async with asyncssh.connect(REMOTE_HOST, username=REMOTE_USER, client_keys=[PRIVATE_KEY_PATH]) as conn:
+            # 执行命令
+            result = await conn.run(command, check=True)
+
+            # 成功执行，返回标准输出
+            output = result.stdout.strip()
+            await ctx.info(f"命令成功执行，返回输出。")
+            await ctx.debug(f"输出内容: {output}")
+            return output
+
+    except asyncssh.ProcessError as e:
+        # 命令执行出错（例如，命令本身返回了非零退出码）
+        error_message = f"命令执行失败: {e.stderr.strip()}"
+        await ctx.error(error_message)
+        return error_message
+
+    except Exception as e:
+        # 其他连接错误等
+        error_message = f"发生未知错误: {str(e)}"
+        await ctx.error(error_message)
+        return error_message
+
+
+# 这部分使得你可以直接运行 `python server.py`
+if __name__ == "__main__":
+    # mcp.run() # 这是默认的 stdio 模式
+    mcp.run(transport="streamable-http") # 改为 streamable-http 模式

softBV/out/Br.csv

@@ -0,0 +1,19 @@
+filename,formula,conductivity(e-3S/m)
+1080005.cif,Cs3Li2Br5,21.23
+1147619.cif,Li3YBr6,20.00
+1147621.cif,Li3InBr6,7.23
+1211043.cif,LiFeBr4,11.60
+1222492.cif,Li3ErBr6,29.61
+1222679.cif,Li2MnBr4,9.68
+2033990.cif,CsLi2Br3,9.71
+22967.cif,Li2FeBr4,11.21
+23057.cif,CsLiBr2,5.12
+2763849.cif,Cs3Li2Br5,121.34
+28237.cif,RbLiBr2,3.46
+28250.cif,Li2MnBr4,12.25
+28326.cif,LiGaBr4,1.56
+28327.cif,LiGaBr3,8.32
+28829.cif,Li2ZnBr4,15.71
+37873.cif,Li3ErBr6,10.90
+580554.cif,CsLi3Br4,38.40
+606680.cif,CsLi2Br3,20.63

softBV/run_softBV.py

@@ -3,17 +3,16 @@ import sys
 import subprocess
 import re
 import csv
+import argparse
 from pathlib import Path
 
 # --- 配置区 ---
 # softBV.x 可执行文件的路径，请根据你的实际情况修改
-# 使用 Path.home() 来自动获取用户家目录，比 '~' 更可靠
 SOFTBV_EXECUTABLE = Path.home() / "tool/softBV-GUI_linux/bin/softBV.x"
 
 # 固定的命令参数
 MOBILE_ION = "Li"
 ION_VALENCE = "1"
-SF_VALUE = "1000"
 
 # 输出CSV文件的名称
 OUTPUT_CSV_FILE = "conductivity_results.csv"
@@ -33,47 +32,73 @@ def check_executable():
         sys.exit(1)
 
 
+def get_formula_from_cif_line2(cif_path):
+    """
+    通过读取CIF文件的第二行来提取化学式。
+    期望的格式是 'data_FORMULA'。
+    """
+    try:
+        with open(cif_path, 'r', encoding='utf-8') as f:
+            lines = f.readlines()
+            if len(lines) > 1:
+                second_line = lines[1].strip()  # .strip() 去除首尾空白和换行符
+                if second_line.lower().startswith('data_'):
+                    # 提取 'data_' 之后的内容作为化学式
+                    return second_line[5:]
+                else:
+                    print(f"\n警告: 文件 {cif_path.name} 的第二行格式不正确 (不是以'data_'开头)。", file=sys.stderr)
+                    return "FormatError"
+            else:
+                print(f"\n警告: 文件 {cif_path.name} 行数不足2行。", file=sys.stderr)
+                return "FileTooShort"
+    except Exception as e:
+        print(f"\n警告: 读取文件 {cif_path.name} 时发生错误: {e}", file=sys.stderr)
+        return "ReadError"
+
+
 def parse_conductivity(output_text):
-    """
+    """从 softBV.x 的输出文本中解析并格式化电导率"""
-    从 softBV.x 的输出文本中解析电导率(conductivity)。
-    使用正则表达式来匹配 'MD: conductivity = <value>' 格式的行。
-    """
-    # 正则表达式解释:
-    # ^                  - 匹配行首
-    # \s*                - 匹配任意数量的空白字符
-    # MD: conductivity   - 匹配字面字符串
-    # \s*=\s*            - 匹配等号，前后可以有任意空白
-    # ([-\d.eE+]+)       - 捕获组1: 匹配并捕获一个或多个数字、点、'e'/'E'、'+'/'-' (科学计数法)
     pattern = re.compile(r"^\s*MD: conductivity\s*=\s*([-\d.eE+]+)", re.MULTILINE)
     match = pattern.search(output_text)
 
     if match:
-        # 返回捕获到的第一个组 (也就是数值部分)
+        conductivity_str = match.group(1)
-        return match.group(1)
+        try:
+            conductivity_val = float(conductivity_str)
+            # 将单位从 S/m 转换为 1e-3 S/m (mS/m), 需要乘以 1000
+            conductivity_ms_m = conductivity_val * 1000
+            # 格式化为两位小数的字符串
+            return f"{conductivity_ms_m:.2f}"
+        except ValueError:
+            return "ValueError"
     else:
-        # 如果没有找到匹配的行，返回 None
         return None
 
 
 def main():
     """主函数"""
-    # 1. 检查命令行参数
+    parser = argparse.ArgumentParser(
-    if len(sys.argv) != 2:
+        description="运行 softBV.x 计算电导率并汇总到CSV文件。",
-        print(f"用法: python {sys.argv[0]} <cif_folder_name>")
+        formatter_class=argparse.RawTextHelpFormatter
-        print(f"例如: python {sys.argv[0]} Br")
+    )
-        sys.exit(1)
+    parser.add_argument("folder", type=str, help="包含CIF文件的目标文件夹路径。")
+    parser.add_argument(
+        "-t", "--temperature",
+        type=int,
+        default=1000,
+        help="模拟温度 (K)，对应 softBV.x 的最后一个参数。\n默认值: 1000"
+    )
+    args = parser.parse_args()
 
-    target_folder = Path(sys.argv[1])
+    target_folder = Path(args.folder)
+    temperature = str(args.temperature)
 
-    # 检查目标文件夹是否存在
     if not target_folder.is_dir():
         print(f"错误: 文件夹 '{target_folder}' 不存在。")
         sys.exit(1)
 
-    # 检查 softBV.x 是否配置正确
     check_executable()
 
-    # 2. 查找所有 .cif 文件
     cif_files = sorted(list(target_folder.glob("*.cif")))
 
     if not cif_files:
@@ -81,61 +106,45 @@ def main():
         return
 
     print(f"在 '{target_folder}' 中找到 {len(cif_files)} 个 .cif 文件，开始处理...")
+    print(f"模拟温度设置为: {temperature} K")
 
-    results = []  # 用于存储 (文件名, 电导率)
+    results = []
 
-    # 3. 遍历文件，执行命令并提取数据
     for cif_file in cif_files:
         print(f"  -> 正在处理: {cif_file} ...", end="", flush=True)
 
-        # 构建命令
+        # 使用新的函数获取化学式
+        formula = get_formula_from_cif_line2(cif_file)
+
         command = [
-            str(SOFTBV_EXECUTABLE),
+            str(SOFTBV_EXECUTABLE), "--md", str(cif_file),
-            "--md",
+            MOBILE_ION, ION_VALENCE, temperature
-            str(cif_file),
-            MOBILE_ION,
-            ION_VALENCE,
-            SF_VALUE
         ]
 
         try:
-            # 执行命令并捕获输出
-            # capture_output=True 将 stdout 和 stderr 分别捕获
-            # text=True (或 encoding='utf-8') 将输出解码为字符串
-            # check=True 如果命令返回非零退出码 (表示错误)，则会抛出异常
             process_result = subprocess.run(
-                command,
+                command, capture_output=True, text=True, check=True, timeout=300
-                capture_output=True,
-                text=True,
-                check=True,
-                timeout=300  # 设置一个超时时间（例如300秒），防止程序卡死
             )
-
-            # 从标准输出中解析数据
             conductivity = parse_conductivity(process_result.stdout)
 
             if conductivity is not None:
-                results.append((cif_file.name, conductivity))
+                results.append([cif_file.name, formula, conductivity])
-                print(f" 成功, conductivity = {conductivity}")
+                print(f" 成功, Formula: {formula}, Conductivity: {conductivity} (x10^-3 S/m)")
             else:
                 print(" 失败 (无法在输出中找到conductivity)")
-                # 你也可以选择将错误信息记录下来
+                results.append([cif_file.name, formula, "NotFound"])
-                # results.append((cif_file.name, "Error: Not Found"))
 
         except subprocess.CalledProcessError as e:
-            # 命令执行失败
             print(f" 失败 (命令执行错误)")
-            print(f"   错误信息: {e.stderr.strip()}")
+            print(f"   错误信息: {e.stderr.strip()}", file=sys.stderr)
-            # results.append((cif_file.name, "Error: Execution Failed"))
+            results.append([cif_file.name, formula, "ExecError"])
         except subprocess.TimeoutExpired:
             print(f" 失败 (命令执行超时)")
-            # results.append((cif_file.name, "Error: Timeout"))
+            results.append([cif_file.name, formula, "Timeout"])
         except Exception as e:
-            # 其他未知错误
+            print(f" 失败 (发生未知错误: {e})", file=sys.stderr)
-            print(f" 失败 (发生未知错误: {e})")
+            results.append([cif_file.name, formula, "UnknownError"])
-            # results.append((cif_file.name, f"Error: {e}"))
 
-    # 4. 将结果写入CSV文件
     if not results:
         print("没有成功处理任何文件，不生成CSV。")
         return
@@ -145,9 +154,7 @@ def main():
     try:
         with open(OUTPUT_CSV_FILE, 'w', newline='', encoding='utf-8') as csvfile:
             writer = csv.writer(csvfile)
-            # 写入表头
+            writer.writerow(['filename', 'formula', 'conductivity(e-3S/m)'])
-            writer.writerow(['filename', 'conductivity'])
-            # 写入数据
             writer.writerows(results)
         print("CSV文件已成功生成！")
     except IOError as e: