mcp

2025-10-09 09:43:34 +08:00
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commit 5d1a4d04f2
4 changed files with 179 additions and 59 deletions
--- a/softBV/run_softBV.py
+++ b/softBV/run_softBV.py
@@ -3,17 +3,16 @@ import sys
 import subprocess
 import re
 import csv
+import argparse
 from pathlib import Path

 # --- 配置区 ---
 # softBV.x 可执行文件的路径，请根据你的实际情况修改
-# 使用 Path.home() 来自动获取用户家目录，比 '~' 更可靠
 SOFTBV_EXECUTABLE = Path.home() / "tool/softBV-GUI_linux/bin/softBV.x"

 # 固定的命令参数
 MOBILE_ION = "Li"
 ION_VALENCE = "1"
-SF_VALUE = "1000"

 # 输出CSV文件的名称
 OUTPUT_CSV_FILE = "conductivity_results.csv"
@@ -33,47 +32,73 @@ def check_executable():
        sys.exit(1)


+def get_formula_from_cif_line2(cif_path):
+    """
+    通过读取CIF文件的第二行来提取化学式。
+    期望的格式是 'data_FORMULA'。
+    """
+    try:
+        with open(cif_path, 'r', encoding='utf-8') as f:
+            lines = f.readlines()
+            if len(lines) > 1:
+                second_line = lines[1].strip()  # .strip() 去除首尾空白和换行符
+                if second_line.lower().startswith('data_'):
+                    # 提取 'data_' 之后的内容作为化学式
+                    return second_line[5:]
+                else:
+                    print(f"\n警告: 文件 {cif_path.name} 的第二行格式不正确 (不是以'data_'开头)。", file=sys.stderr)
+                    return "FormatError"
+            else:
+                print(f"\n警告: 文件 {cif_path.name} 行数不足2行。", file=sys.stderr)
+                return "FileTooShort"
+    except Exception as e:
+        print(f"\n警告: 读取文件 {cif_path.name} 时发生错误: {e}", file=sys.stderr)
+        return "ReadError"
+
+
 def parse_conductivity(output_text):
-    """
-    从 softBV.x 的输出文本中解析电导率(conductivity)。
-    使用正则表达式来匹配 'MD: conductivity = <value>' 格式的行。
-    """
-    # 正则表达式解释:
-    # ^                  - 匹配行首
-    # \s*                - 匹配任意数量的空白字符
-    # MD: conductivity   - 匹配字面字符串
-    # \s*=\s*            - 匹配等号，前后可以有任意空白
-    # ([-\d.eE+]+)       - 捕获组1: 匹配并捕获一个或多个数字、点、'e'/'E'、'+'/'-' (科学计数法)
+    """从 softBV.x 的输出文本中解析并格式化电导率"""
    pattern = re.compile(r"^\s*MD: conductivity\s*=\s*([-\d.eE+]+)", re.MULTILINE)
    match = pattern.search(output_text)

    if match:
-        # 返回捕获到的第一个组 (也就是数值部分)
-        return match.group(1)
+        conductivity_str = match.group(1)
+        try:
+            conductivity_val = float(conductivity_str)
+            # 将单位从 S/m 转换为 1e-3 S/m (mS/m), 需要乘以 1000
+            conductivity_ms_m = conductivity_val * 1000
+            # 格式化为两位小数的字符串
+            return f"{conductivity_ms_m:.2f}"
+        except ValueError:
+            return "ValueError"
    else:
-        # 如果没有找到匹配的行，返回 None
        return None


 def main():
    """主函数"""
-    # 1. 检查命令行参数
-    if len(sys.argv) != 2:
-        print(f"用法: python {sys.argv[0]} <cif_folder_name>")
-        print(f"例如: python {sys.argv[0]} Br")
-        sys.exit(1)
+    parser = argparse.ArgumentParser(
+        description="运行 softBV.x 计算电导率并汇总到CSV文件。",
+        formatter_class=argparse.RawTextHelpFormatter
+    )
+    parser.add_argument("folder", type=str, help="包含CIF文件的目标文件夹路径。")
+    parser.add_argument(
+        "-t", "--temperature",
+        type=int,
+        default=1000,
+        help="模拟温度 (K)，对应 softBV.x 的最后一个参数。\n默认值: 1000"
+    )
+    args = parser.parse_args()

-    target_folder = Path(sys.argv[1])
+    target_folder = Path(args.folder)
+    temperature = str(args.temperature)

-    # 检查目标文件夹是否存在
    if not target_folder.is_dir():
        print(f"错误: 文件夹 '{target_folder}' 不存在。")
        sys.exit(1)

-    # 检查 softBV.x 是否配置正确
    check_executable()

-    # 2. 查找所有 .cif 文件
    cif_files = sorted(list(target_folder.glob("*.cif")))

    if not cif_files:
@@ -81,61 +106,45 @@ def main():
        return

    print(f"在 '{target_folder}' 中找到 {len(cif_files)} 个 .cif 文件，开始处理...")
+    print(f"模拟温度设置为: {temperature} K")

-    results = []  # 用于存储 (文件名, 电导率)
+    results = []

-    # 3. 遍历文件，执行命令并提取数据
    for cif_file in cif_files:
        print(f"  -> 正在处理: {cif_file} ...", end="", flush=True)

-        # 构建命令
+        # 使用新的函数获取化学式
+        formula = get_formula_from_cif_line2(cif_file)
+
        command = [
-            str(SOFTBV_EXECUTABLE),
-            "--md",
-            str(cif_file),
-            MOBILE_ION,
-            ION_VALENCE,
-            SF_VALUE
+            str(SOFTBV_EXECUTABLE), "--md", str(cif_file),
+            MOBILE_ION, ION_VALENCE, temperature
        ]

        try:
-            # 执行命令并捕获输出
-            # capture_output=True 将 stdout 和 stderr 分别捕获
-            # text=True (或 encoding='utf-8') 将输出解码为字符串
-            # check=True 如果命令返回非零退出码 (表示错误)，则会抛出异常
            process_result = subprocess.run(
-                command,
-                capture_output=True,
-                text=True,
-                check=True,
-                timeout=300  # 设置一个超时时间（例如300秒），防止程序卡死
+                command, capture_output=True, text=True, check=True, timeout=300
            )
-
-            # 从标准输出中解析数据
            conductivity = parse_conductivity(process_result.stdout)

            if conductivity is not None:
-                results.append((cif_file.name, conductivity))
-                print(f" 成功, conductivity = {conductivity}")
+                results.append([cif_file.name, formula, conductivity])
+                print(f" 成功, Formula: {formula}, Conductivity: {conductivity} (x10^-3 S/m)")
            else:
                print(" 失败 (无法在输出中找到conductivity)")
-                # 你也可以选择将错误信息记录下来
-                # results.append((cif_file.name, "Error: Not Found"))
+                results.append([cif_file.name, formula, "NotFound"])

        except subprocess.CalledProcessError as e:
-            # 命令执行失败
            print(f" 失败 (命令执行错误)")
-            print(f"   错误信息: {e.stderr.strip()}")
-            # results.append((cif_file.name, "Error: Execution Failed"))
+            print(f"   错误信息: {e.stderr.strip()}", file=sys.stderr)
+            results.append([cif_file.name, formula, "ExecError"])
        except subprocess.TimeoutExpired:
            print(f" 失败 (命令执行超时)")
-            # results.append((cif_file.name, "Error: Timeout"))
+            results.append([cif_file.name, formula, "Timeout"])
        except Exception as e:
-            # 其他未知错误
-            print(f" 失败 (发生未知错误: {e})")
-            # results.append((cif_file.name, f"Error: {e}"))
+            print(f" 失败 (发生未知错误: {e})", file=sys.stderr)
+            results.append([cif_file.name, formula, "UnknownError"])

-    # 4. 将结果写入CSV文件
    if not results:
        print("没有成功处理任何文件，不生成CSV。")
        return
@@ -145,9 +154,7 @@ def main():
    try:
        with open(OUTPUT_CSV_FILE, 'w', newline='', encoding='utf-8') as csvfile:
            writer = csv.writer(csvfile)
-            # 写入表头
-            writer.writerow(['filename', 'conductivity'])
-            # 写入数据
+            writer.writerow(['filename', 'formula', 'conductivity(e-3S/m)'])
            writer.writerows(results)
        print("CSV文件已成功生成！")
    except IOError as e: