#!/bin/bash

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# 项目自动化筛选脚本
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# 1. 初始化设置
# 修改上一级目录权限
chmod -R u+w ../screen

# 启用 screen 环境 (Python 3.11)
source $(conda info --base)/etc/profile.d/conda.sh
conda activate ~/anaconda3/envs/screen

# 设置当前目录为 PYTHONPATH
cd py/
export PYTHONPATH=$(pwd):$PYTHONPATH

echo "============ Stage 1: Pre-process & Basic Screening ============"
# 调用预筛选 (处理 input_pre 到 input)
python pre_process.py

# 调用第一步筛选
# 功能：读取 CIF，进行基础检查，按阴离子分类，创建独立文件夹 (Anion/ID/ID.cif)
python step1.py

# 为所有材料生成 Zeo++ 分析脚本
# 功能：生成 analyze.sh，输出重定向至 log.txt
python make_sh.py

# 2. 切换环境运行 Zeo++
echo "============ Stage 2: Zeo++ Calculations ============"
conda deactivate
conda activate ~/anaconda3/envs/zeo

# 进入数据目录执行所有生成的 shell 脚本
cd ../data/after_step1
if [ -f "sh_all.sh" ]; then
    source sh_all.sh
    rm sh_all.sh
else
    echo "Error: sh_all.sh not found!"
fi

# 3. 后处理与筛选 (Step 2-4)
echo "============ Stage 3: Data Extraction & Advanced Screening ============"
# 切回 screen 环境
conda deactivate
conda activate ~/anaconda3/envs/screen
cd ../../py

# 提取日志数据
# 功能：遍历所有 log.txt，提取孔径、距离等参数，生成汇总 CSV 到 ../output
python extract_data.py

# 联合筛选 (Step 2, 3, 4)
# 功能：读取 CSV，根据阈值筛选，将符合条件的材料软链接到 ../data/after_screening
python step2_4_combined.py

# Step 5 (扩胞与实际检查)
# 注意：这一步目前尚未更新适配新的软链接结构，待后续处理
# python step5.py

echo "Done! Check results in ../data/after_screening"