calc—_v1

main.sh

@@ -1,30 +1,64 @@
 #!/bin/bash
-#修改权限
+
+# =====================
+# 项目自动化筛选脚本
+# =====================
+
+# 1. 初始化设置
+# 修改上一级目录权限
 chmod -R u+w ../Screen
-#启用screen环境
+
+# 启用 screen 环境 (Python 3.11)
+source $(conda info --base)/etc/profile.d/conda.sh
 conda activate screen
+
 # 设置当前目录为 PYTHONPATH
 cd py/
 export PYTHONPATH=$(pwd):$PYTHONPATH
-#调用预筛选
+
+echo "============ Stage 1: Pre-process & Basic Screening ============"
+# 调用预筛选 (处理 input_pre 到 input)
 python pre_process.py
-#调用第一步筛选
+
+# 调用第一步筛选
+# 功能：读取 CIF，进行基础检查，按阴离子分类，创建独立文件夹 (Anion/ID/ID.cif)
 python step1.py
 
-#为第一步筛出的所有材料制作脚本
+# 为所有材料生成 Zeo++ 分析脚本
+# 功能：生成 analyze.sh，输出重定向至 log.txt
 python make_sh.py
-#调整环境
+
+# 2. 切换环境运行 Zeo++
+echo "============ Stage 2: Zeo++ Calculations ============"
 conda deactivate
 conda activate zeo
-#运行脚本
+
+# 进入数据目录执行所有生成的 shell 脚本
 cd ../data/after_step1
-source sh_all.sh
-rm sh_all.sh
-#调整conda回到screen
+if [ -f "sh_all.sh" ]; then
+    source sh_all.sh
+    rm sh_all.sh
+else
+    echo "Error: sh_all.sh not found!"
+fi
+
+# 3. 后处理与筛选 (Step 2-4)
+echo "============ Stage 3: Data Extraction & Advanced Screening ============"
+# 切回 screen 环境
 conda deactivate
 conda activate screen
-
-#启用不同的python文件做分析
 cd ../../py
-python step2-5-file_process.py
-#python step6.py
+
+# 提取日志数据
+# 功能：遍历所有 log.txt，提取孔径、距离等参数，生成汇总 CSV 到 ../output
+python extract_data.py
+
+# 联合筛选 (Step 2, 3, 4)
+# 功能：读取 CSV，根据阈值筛选，将符合条件的材料软链接到 ../data/after_screening
+python step2_4_combined.py
+
+# Step 5 (扩胞与实际检查)
+# 注意：这一步目前尚未更新适配新的软链接结构，待后续处理
+# python step5.py
+
+echo "Done! Check results in ../data/after_screening"