NEP框架重构

src/workflow.py

@@ -48,59 +48,77 @@ class Workflow:
                 # Step: 00.md
                 # ==========================
                 if step_name == "00.md":
-                    # 1. 【修正点】先定义 step_dir，确保后续都能访问到
                     step_dir = os.path.join(iter_path, "00.md")
 
-                    # --- 第一轮初始化：POSCAR -> model.xyz ---
+                    # --- A. 第一轮初始化：POSCAR -> model.xyz ---
                     if iter_id == 0:
-                        # 2. 现在使用 step_dir 是安全的
                         os.makedirs(step_dir, exist_ok=True)
-
-                        # 获取文件名和路径
                         poscar_name = self.param['files']['poscar']
                         poscar_src = os.path.join(self.data_dir, poscar_name)
 
-                        # 复制原始 POSCAR
+                        if os.path.exists(poscar_src):
-                        if not os.path.exists(poscar_src):
+                            shutil.copy(poscar_src, os.path.join(step_dir, poscar_name))
-                            self.logger.error(f"Initial POSCAR not found: {poscar_src}")
-                            return
-                        shutil.copy(poscar_src, os.path.join(step_dir, poscar_name))
 
-                        # 获取标签
+                            atom_labels = self.param['files'].get('label', '')
-                        atom_labels = self.param['files'].get('label', '')
+                            kit_path = self.machine.config['paths'].get('gpumdkit', 'gpumdkit.sh')
-                        if not atom_labels:
-                            self.logger.error("Missing 'label' in param.yaml files section.")
-                            return
 
-                        # 执行转换
+                            cmd = f"{kit_path} -addlabel {poscar_name} {atom_labels}"
-                        kit_path = self.machine.config['paths'].get('gpumdkit', 'gpumdkit.sh')
+                            self.logger.info(f"Initializing model.xyz: {cmd}")
-                        # 确保使用绝对路径，防止 subprocess 找不到
-                        if not os.path.isabs(kit_path):
-                            # 假设相对于项目根目录，或者在 PATH 中
-                            pass
-
-                        cmd = f"{kit_path} -addlabel {poscar_name} {atom_labels}"
-
-                        self.logger.info(f"Initializing model.xyz with command: {cmd}")
-                        try:
                             subprocess.check_call(cmd, shell=True, cwd=step_dir)
-                        except subprocess.CalledProcessError as e:
-                            self.logger.error(f"Failed to convert POSCAR: {e}")
-                            return
-
-                        if not os.path.exists(os.path.join(step_dir, "model.xyz")):
-                            self.logger.error("model.xyz was not generated.")
-                            return
                         else:
-                            self.logger.info("Successfully generated model.xyz")
+                            self.logger.error(f"POSCAR missing: {poscar_src}")
+                            continue  # 跳过这一步
 
-                    # --- 遍历子任务 (preheat, production...) ---
+                    # 检查 model.xyz 是否存在 (无论是刚生成的，还是上一轮传过来的)
-                    for sub in step_conf.get('sub_tasks', []):
+                    # 注意：如果是 Iter > 0，这里需要逻辑从上一轮获取，目前先保证 Iter 0
-                        template_sub_name = sub['template_sub']
+                    current_model_xyz = os.path.join(step_dir, "model.xyz")
+                    if not os.path.exists(current_model_xyz):
+                        self.logger.error(f"Critical: model.xyz not found in {step_dir}")
+                        continue
+
+                    # --- B. 执行子任务 (Preheat / Production) ---
+                    sub_tasks = step_conf.get('sub_tasks', [])
+                    if not sub_tasks:
+                        self.logger.warning("No sub_tasks defined for 00.md in param.yaml!")
+
+                    for sub in sub_tasks:
+                        template_sub_name = sub.get('template_sub')
+                        if not template_sub_name: continue
+
+                        # 1. 定义子目录 (e.g., iter_00/00.md/preheat)
                         sub_work_dir = os.path.join(step_dir, template_sub_name)
-                        template_path = os.path.join(self.template_dir, "00.md", template_sub_name)
+                        os.makedirs(sub_work_dir, exist_ok=True)
 
-                # ==========================
+                        self.logger.info(f"--> Setup Sub-task: {template_sub_name}")
+
+                        # 2. 【关键】将 model.xyz 分发到子目录
+                        shutil.copy(current_model_xyz, os.path.join(sub_work_dir, "model.xyz"))
+
+                        # 3. 准备 Template (run.in)
+                        # 路径: template/00.md/preheat/
+                        template_path = os.path.join(self.template_dir, "00.md", template_sub_name)
+                        if not os.path.exists(template_path):
+                            self.logger.error(f"Template not found: {template_path}")
+                            continue
+
+                        # 4. 实例化 MD 任务
+                        # 这里的 name 仅仅是日志用的标识
+                        md_task = MDStep(f"MD-{template_sub_name}", sub_work_dir, self.machine, self.config)
+
+                        # 5. 运行 (传入势函数路径 和 模板路径)
+                        # run() 方法内部会处理 nep.txt 的复制和 run.in 的复制
+                        success = md_task.run(self.current_nep_pot, template_path)
+
+                        if success:
+                            # 记录最新的 dump.xyz 位置，供下一步 Select 使用
+                            self.last_dump_path = os.path.join(sub_work_dir, "dump.xyz")
+                            # 同时也把最新的 model.xyz (如果MD改变了结构) 或 dump 更新为下一次的起点？
+                            # 目前逻辑：Select 步会用 self.last_dump_path
+                        else:
+                            self.logger.error(f"MD Sub-task {template_sub_name} Failed.")
+                            # 根据策略决定是否中断，这里暂时中断
+                            break
+                            # ==========================
                 # Step: 01.select
                 # ==========================
                 elif step_name == "01.select":