nep框架重构

config/param.yaml

@@ -7,6 +7,7 @@ files:
   poscar: "LGPS.vasp"
   potcar: "POTCAR"
   initial_pot: "nep89.txt" # 第一轮 MD 用的势函数
+  label: "Li Ge P S"
 
 # 2. 迭代流程控制
 iterations:

src/workflow.py

@@ -47,35 +47,52 @@ class Workflow:
                 # ==========================
                 # Step: 00.md
                 # ==========================
-                if step_name == "00.md":
-                    step_dir = os.path.join(iter_path, "00.md")
+                # --- 第一轮初始化：POSCAR -> model.xyz ---
+                if iter_id == 0:
+                    os.makedirs(step_dir, exist_ok=True)
 
-                    # 只有第一轮且有init需求时，才进行 POSCAR -> model.xyz 转化
-                    # 这里为了 Local 测试，我们简单处理：直接把 POSCAR 拷过去当 model.xyz (仅作演示)
-                    # 实际上你应该调用 gpumdkit 转化
-                    if iter_id == 0:
-                        os.makedirs(step_dir, exist_ok=True)
-                        shutil.copy(os.path.join(self.data_dir, self.param['files']['poscar']),
-                                    os.path.join(step_dir, "model.xyz"))
+                    # 1. 获取文件名和路径
+                    poscar_name = self.param['files']['poscar']
+                    poscar_src = os.path.join(self.data_dir, poscar_name)
 
-                    # 遍历子任务 (preheat, production...)
-                    for sub in step_conf.get('sub_tasks', []):
-                        template_sub_name = sub['template_sub']
-                        sub_work_dir = os.path.join(step_dir, template_sub_name)
-                        template_path = os.path.join(self.template_dir, "00.md", template_sub_name)
+                    # 2. 复制原始 POSCAR 到 step_dir
+                    if not os.path.exists(poscar_src):
+                        self.logger.error(f"Initial POSCAR not found: {poscar_src}")
+                        return  # 或者抛出异常
+                    shutil.copy(poscar_src, os.path.join(step_dir, poscar_name))
 
-                        # 实例化并运行
-                        md_task = MDStep(f"MD-{template_sub_name}", sub_work_dir, self.machine, self.config)
+                    # 3. 获取原子标签 Label
+                    # 假设 config/param.yaml 里是: label: "Li Ge P S"
+                    atom_labels = self.param['files'].get('label', '')
+                    if not atom_labels:
+                        self.logger.error("Missing 'label' in param.yaml files section.")
+                        return
 
-                        # 关键：要把上一级准备好的 model.xyz 拷进来
-                        if iter_id == 0:
-                            shutil.copy(os.path.join(step_dir, "model.xyz"), os.path.join(sub_work_dir, "model.xyz"))
-                        # 如果是后续轮次，应该用上一轮选好的结构，这里暂略，先跑通第一轮
+                    # 4. 构建 gpumdkit 命令
+                    # 命令格式: gpumdkit.sh -addlabel filename Li Ge P S
+                    # 注意：这里我们假设 machine.yaml 里定义了一个叫 'gpumdkit' 的 executor
+                    # 或者我们直接构建 shell 命令，因为这通常是一个轻量级操作
 
-                        md_task.run(self.current_nep_pot, template_path)
+                    # 方法 A: 如果 machine.yaml 里配置了 gpumdkit 的路径
+                    kit_path = self.machine.config['paths'].get('gpumdkit', 'gpumdkit.sh')
+                    cmd = f"{kit_path} -addlabel {poscar_name} {atom_labels}"
 
-                        # 记录最后生成的 dump.xyz 路径，供下一步使用
-                        self.last_dump_path = os.path.join(sub_work_dir, "dump.xyz")
+                    self.logger.info(f"Initializing model.xyz with command: {cmd}")
+
+                    # 执行转化
+                    try:
+                        # 必须在 step_dir 下执行，以便生成 model.xyz 在当前目录
+                        subprocess.check_call(cmd, shell=True, cwd=step_dir)
+                    except subprocess.CalledProcessError as e:
+                        self.logger.error(f"Failed to convert POSCAR to model.xyz: {e}")
+                        return
+
+                    # 检查生成结果
+                    if not os.path.exists(os.path.join(step_dir, "model.xyz")):
+                        self.logger.error("model.xyz was not generated. Check gpumdkit.sh.")
+                        return
+                    else:
+                        self.logger.info("Successfully generated model.xyz")
 
                 # ==========================
                 # Step: 01.select